10x Genomics Visium ruimtelike transkriptoom
Tegniese skema
Funksies
● Resolusie: 100 µm
● Spotdiameter: 55 µm
● Aantal kolle: 4992
● Vasgebied: 6,5 x 6,5 mm
● Elke strepieskode -kol is gelaai met primers wat uit 4 afdelings bestaan:
- Poli (DT) stert vir mRNA -priming en cDNA -sintese
- Unieke molekulêre identifiseerder (UMI) om versterkingsvooroordeel te korrigeer
- Ruimtelike strepieskode
- Bindingsvolgorde van gedeeltelike lees 1 volgorde -primer
● H & E -kleuring van afdelings
Voordele
●Eenstopdiens: Integreer alle ervarings- en vaardigheidsgebaseerde stappe, insluitend cryo-afdeling, kleuring, weefseloptimalisering, ruimtelike strepieskodering, biblioteekvoorbereiding, volgorde en bioinformatika.
● hoogs geskoolde tegniese span: Met ervaring in meer as 250 weefseltipes en 100+ spesies, insluitend mens, muis, soogdier, vis en plante.
●Intydse opdatering oor die hele projek: Met volledige beheer van eksperimentele vooruitgang.
●Uitgebreide standaard bioinformatika:Pakket bevat 29 ontledings en 100+ syfers van hoë gehalte.
●Aangepaste data -analise en visualisering: beskikbaar vir verskillende navorsingsversoeke.
●Opsionele gewrigsanalise met enkel-sel mRNA-volgorde
Spesifikasies
| Voorbeeldvereistes | Biblioteek | Volgorde -strategie | Data aanbeveel | Kwaliteitskontrole |
| OKT-ingebedde cryo-monsters (Optimale deursnee: ongeveer 6x6x6 mm³) 2 blokke per monster | 10x Visium cDNA -biblioteek | Illumina PE150 | 50k PE lees per plek (60 GB) | Rin> 7 |
Vir meer inligting oor voorbeeldvoorbereidingsvoorligting en dienswerkvloei, praat gerus met 'nBMKGENE Kenner
Dienswerkvloei
In die monstervoorbereidingsfase word 'n aanvanklike grootmaat RNA-ekstraksie-proef uitgevoer om te verseker dat 'n hoë kwaliteit RNA verkry kan word. In die weefseloptimaliseringsfase word die afdelings gekleur en gevisualiseer en die permeabilisasie -toestande vir mRNA -vrystelling van weefsel word geoptimaliseer. Die geoptimaliseerde protokol word dan tydens biblioteekkonstruksie toegepas, gevolg deur volgorde en data -analise.
Die volledige dienswerkvloei behels intydse opdaterings en bevestigings van die kliënt om 'n responsiewe terugvoerlus te handhaaf, wat die uitvoering van die projek verseker.
Sluit die volgende ontleding in:
Data -kwaliteitskontrole:
o Data -uitset en verspreiding van gehalte -telling
o Gene -opsporing per plek
o Weefselbedekking
Binne-monsteranalise:
o Gene -rykdom
o Spotgroepering, insluitend verminderde dimensie -analise
o Differensiële uitdrukkingsanalise tussen groepe: identifikasie van merkergene
o Funksionele aantekening en verryking van merkergenes
Intergroepanalise
o Herkombinasie van kolle van beide monsters (bv. Siekte en beheer) en herbepaling
o Identifisering van merkergenes vir elke groep
o Funksionele aantekening en verryking van merkergenes
o Differensiële uitdrukking van dieselfde groep tussen groepe
Binne-monsteranalise
Spot Clustering
Merkergenesidentifikasie en ruimtelike verspreiding
Intergroepanalise
Data-kombinasie van beide groepe en herbevoegdheid
Merkergenes van nuwe groepe
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se ruimtelike transkriptomiese diens deur 10x Visium vergemaklik word in hierdie uitstekende publikasies:
Chen, D. et al. (2023) 'MTHL1, 'n potensiële Drosophila -homoloog van gpcrs van soogdiere, is betrokke by antitumor -reaksies op ingespuit onkogene selle in vlieë',Verrigtinge van die Nasionale Akademie vir Wetenskappe van die Verenigde State van Amerika, 120 (30), p. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'Staal maak dit moontlik om 'n hoë resolusie van spatiotemporale transkriptomiese data' te maak ',Inligtingsessies in bioinformatika, 24 (2), pp. 1–10. doi: 10.1093/slab/bbad068.
Liu, C. et al. (2022) ''n Spatiotemporale atlas van organogenese in die ontwikkeling van orgidee blomme',Nukleïensuurnavorsing, 50 (17), pp. 9724–9737. doi: 10.1093/nar/gkac773.
Wang, J. et al. (2023) 'Integrasie van ruimtelike transkriptomika en enkel-nucleus RNA-volgorde onthul die potensiële terapeutiese strategieë vir baarmoeder leiomyoma',International Journal of Biological Sciences, 19 (8), pp. 2515–2530. doi: 10.7150/ijbs.83510.
